Perlu diketahui bahwa sejumlah buah seperti apel dan pir, seledri, serta telur bisa menyerap aroma bawang bombai. Oleh karena itu, bawang bombai harus tersimpan rapat di dalam wadah dan diletakkan jauh dari makanan-makanan tersebut.
Cara terbaik untuk menyimpan bawang bombai yang sudah dimasak juga sama, yaitu diletakkan di dalam wadah kedap udara dan disimpan di dalam kulkas. Seperti kebanyakan makanan sisa, bawang bombai yang sudah dimasak bisa bertahan hingga empat hari di dalam kulkas.
Trik lain untuk semakin memperpanjang masa penyimpanan bawang bombai yang sudah dipotong atau dimasak adalah dengan menyimpannya di dalam freezer. Bawang bombay mentah yang sudah dipotong-potong bisa bertahan di dalam freezer hingga delapan bulan. Sedangkan bawang bombay yangs udah dimasak bisa bertahan di dalam freezer hingga 12 bulan.