Pada sebagian orang, minum air klorofil dapat memicu efek samping berupa diare atau kotoran menjadi berwarna hijau. Ada pula yang mengalami reaksi alergi atau kram perut hingga membutuhkan pertolongan medis.
Park menjelaskan, minum air klorofil kemungkinan tak akan merusak kulit. Namun, dia mengatakan, masih belum diketahui seperti apa efek jangka panjang dari konsumsi chlorophyllin dari air klorofil.
Sejauh ini, data menunjukkan bahwa batas aman konsumsi chlorophyllin adalah 300 mg per hari selama tiga bulan. Selain itu, Simon mengatakan belum ada data yang mengungkapkan keamanan konsumsi chlorophyllin pada ibu hamil atau menyusui. Oleh karena itu, ibu hamil dan menyusui sebaiknya tak meminum chlorophyllin terlebih dahulu.
Hindari pula konsumsi air klorofil bersamaan dengan obat yang meningkatkan sensitivitas cahaya, seperti beberapa obat antidepresan atau obat tekanan darah tinggi. Bila dilakukan, chlorophyllin dapat meningkatkan risiko terjadinya sunburn atau kulit terbakar.