Kisah dalam film ini tidak memiliki kaitan langsung dengan kisah Harry Potter, namun ada sejumlah tokoh dari novel dan filmnya yang muncul. Tentu saja dalam versi jauh lebih muda, mengingat latar waktu yang berbeda.
Hanya saja, dengan daya tarik makhluk magis dan dunia sihir, film punya kekurangan dalam segi cerita. Plotnya punya celah di sana-sini yang terasa janggal. Ada fakta baru yang diungkap namun terasa tidak pas dengan cerita yang selama ini ada.
Pengembangan kisah di film ini juga terkesan melulu soal politik, topik yang cukup berat. Sinema terkesan bernuansa gelap, amat berbeda dengan film pertama Fantastic Beasts yang benar-benar fokus pada deretan makhluk magis.
Bagi penonton yang bukan penyuka Harry Potter atau tidak menyimak film sebelumnya mungkin akan kebingungan dengan alurnya. Beberapa aspek cerita membuat film lebih cocok untuk penonton 13 tahun ke atas, meski sinema ini mendapat rating "semua umur" di bioskop Indonesia.